Cikal bakal pesantren AL-Hidayah berawal dari insiatif (alm) KH. Abd. Hadi pada tahun 1941. Beliau merupakan sosok yang sangat intens terhadap dunia pendidikan. Pesantren Al-Hidayah merupakan salah satu pesantren di Bangkalan yang menyelenggarakan Pendidikan formal.
Pada awal berdirinya pesantren ini, hanya ingin mengakomodasi keinginan masyarakat sekitar untuk menimba ilmu agama, sehingga sistem dan materi yang diajarkan masih murni ilmu agama dengan menggunakan pembelajaran dan metode klasikal. Seiring dengan waktu kini pesantren Al-Hidayah mulai mengembangkan 2 pola sistem pendidikan, yaitu sistem pendidikan diniyah salafiyah dan sistem pendidikan formal (madrasah) yang mengacu pada kurikulum Kemenag.
Tongkat estafet perjuangan dan pengembangan pesantren kemudian dilanjutkan oleh putra beliau yang tertua (alm) KH. Mahfudz Hadi. Berbagai upaya dalam rangka peningkatan dan pengembangan dunia pendidikan yang berbasis pesantren dikelola dengan baik dan profesional baik dari aspek sarana prasarana serta tenaga pengajar dan beberapa program yang dilaksanakan.
Hingga kini pesantren Al-Hidayah dengan visi dan misi yang ada bersama seluruh Dewan Pengasuh, tenaga pendidik dan seluruh civitas pesantren serta dukungan masyarakat terus bertekad mewujudkan dan mencetak santri yang memiliki kepribadian mandiri, berakhlakul karimah yang berwawasan iptek dan berlandaskan imtaq dengan nilai ajaran islam.
